A mikrózott étel önmagában nem károsabb a hagyományos módon felmelegített fogásoknál. A biztonságot elsősorban a megfelelő edény, az egyenletes melegítés és a készülék helyes használata határozza meg.

A mikrohullámok az ételben található vízhez és más elektromosan poláris molekulákhoz kapcsolódva hőt termelnek. Ez nem ionizáló sugárzás, ezért az étel nem válik radioaktívvá, és a mikrohullám sem „marad benne”. A megfelelő állapotú, előírásszerűen használt készülék biztonságosnak tekinthető.
A vitaminok egy része minden hőkezelés során csökkenhet. A mikrohullámú melegítés azonban rövid ideig tart, és rendszerint kevés vizet igényel, ezért egyes ételekben akár több vitamin és ásványi anyag maradhat, mint hosszú főzés után. Különösen a vízben oldódó tápanyagok vesztesége lehet kisebb.

A mikrohullámú sütőben forró és hideg pontok egyaránt kialakulhatnak. Az ételt ezért érdemes melegítés közben megkeverni, majd rövid ideig pihentetni, hogy a hő egyenletesebben oszoljon el. A túlmelegített folyadék váratlanul kifuthat, a héjas tojás és más zárt étel pedig a felgyülemlő gőz miatt szétrobbanhat.
Biztonságos választás a mikrohullámú sütőhöz alkalmas üveg- vagy kerámiaedény. Egyszer használatos dobozok, sérült műanyagok és ismeretlen eredetű tárolók nem valók a készülékbe. Fémet vagy alumíniumfóliát csak akkor szabad használni, ha azt a készülék gyártója kifejezetten engedélyezi.

A mikrózott étel nem egészségtelen pusztán a melegítés módja miatt. A legfontosabb a gyártói utasítások betartása, a megfelelő edény használata, az étel átkeverése és a túlmelegítés elkerülése.